工程中心具有生物活性肽的生产工艺、肽段结构鉴定技术、终端产品制备方法的知识产权服务体系，共申请专利110项，其中国际专利18项，国内发明专利92项，已获得授权专利82项，其中国际专利11项，国内发明专利71项。中心的授权专利涉及生物活性肽的工业化制备方法、活性肽段的分离和鉴定方法、终端产品的工业化制造方法及应用等领域。

此外授权专利还包含近30项药食同源发酵领域专利，包括菌剂药食同源类发酵制品及其制备方法等，其中菌剂发明专利共5项，药食同源类发酵领域发明专利共20余项。